بازیابی توالی‌های ابتدایی ویروس‌‌ کرونا که به طرز مرموزی حذف شده بود

حدود یک سال پیش، بیش از ۲۰۰ ورودی داده از توالی‌یابی ژنتیکی موارد اولیه کووید ۱۹ در ووهان از یک پایگاه علمی آنلاین ناپدید شد؛ اما پژوهشگری در سیاتل با جستجوی فایل‌های ذخیره‌شده در گوگل کلاد، گزارش می‌دهد که ۱۳ مورد از توالی‌های اولیه را بازیابی و اطلاعات جذابی برای پی بردن به این مسئله فراهم کرده که ویروس چه زمانی و چگونه ممکن است از خفاش یا حیوان دیگری به انسان سرریز شده باشد. تجزیه‌و‌تحلیل جدید از پیشنهاد‌ها قبلی حمایت می‌کند که گونه‌ای از ویروس‌ ممکن است پیش از شیوع‌ اولیه‌ی مرتبط با بازار حیوانات و غذاهای دریایی در دسامبر ۲۰۱۹، در ووهان در گردش بوده باشد.

مطالعه‌ی جدید این فرضیه را که ویروس کرونا از آزمایشگاه معروف ووهان نشت کرده است، تقویت یا تضعیف نمی‌کند؛ اما سؤالاتی به وجود می‌آورد که چرا توالی‌های اولیه حذف شدند و نشان می‌دهد که ممکن است در فضای اینترنت افشاگری‌های بیشتری برای بازیابی وجود داشته باشد.

به گزارش نیویورک تایمز، جسی بلوم، ویروس‌شناس مرکز تحقیقات سرطان فرد هاچینسون و نویسنده‌ی گزارش جدید، حذف توالی‌ها را مشکوک خواند. او در مقاله‌ی خود که هنوز مورد بازبینی کارشناسان قرار نگفته است، نوشت: «به‌ نظر می‌رسد علت حذف توالی‌ها این بوده است که کسی از وجود آن‌ها مطلع نشود.»

دکتر بلوم و دکتر مایکل وروبی، متخصص زیست‌شناسی تکاملی از دانشگاه آریزونا، از دانشمندانی هستند که خواستار انجام پژوهش‌های بیشتر مورد نحوه‌ی آغاز دنیاگیری شده‌اند. آن‌ها در نامه‌ای که در ماه می منتشر شد، شکایت داشتند که اطلاعات کافی برای تعیین این مسئله وجود ندارد که آیا ویروس کرونا با احتمال بیشتر از آزمایشگاه نشت پیدا کرده یا براثر تماس با حیوان آلوده و در خارج از آزمایشگاه به انسان منتقل شده است.

توالی‌ ژنتیکی نمونه‌های ویروسی سرنخ‌های مهمی در مورد این موضوع به همراه دارد که SARS-CoV-2 چگونه از حیوان دیگری که به احتمال زیاد یک خفاش بوده، به گونه‌ی انسان منتقل شده است. ارزشمندترین توالی‌ها در این رابطه، توالی‌های مربوط به اوایل دنیاگیری هستند؛ زیرا دانشمندان را به رویداد سرریز اولیه نزدیک‌تر می‌کنند.

پزشکان بیمارستان ژونگنان دانشگاه ووهان درحال رسیدگی به بیمار مبتلا به کووید در ژانویه ۲۰۲۰

وقتی دکتر بلوم در حال بررسی داده‌های ژنتیکی بود که به‌وسیله‌ی گروه‌های پژوهشی مختلف منتشر شده بود، به مطالعه‌ای از مارس ۲۰۲۰ برخورد کرد که حاوی اطلاعاتی در مورد ۲۴۱ توالی ژنتیکی بود که توسط دانشمندان دانشگاه ووهان جمع‌آوری شده بود.

بر اساس اطلاعات همراه مطالعه‌ی مذکور، دانشمندان توالی‌ها را در پایگاه داده‌ی آنلاین Sequence Read Archive بارگذاری کرده بودند که کتابخانه ملی پزشکی آمریکا مدیریت آن را بر عهده دارد؛ اما وقتی دکتر بلوم توالی‌های ووهان را که مربوط به آن تاریخ بود، جستجو کرد، هیچ موردی پیدا نشد. او که از این موضوع گیج شده بود، برای پیدا کردن سرنخ‌های بیشتر به اطلاعات منتشرشده همراه مطالعه‌ی مذکور مراجعه کرد که نشان می‌داد ۲۴۱ توالی به‌وسیله‌ی دانشمندی به نام آیسی فو در بیمارستان رنمین ووهان جمع‌آوری شده بود.

دکتر بلوم با جستجوی منابع پزشکی مطالعه‌ی دیگری را پیدا کرد که به‌وسیله‌ی دکتر فو و همکارانش در مارس ۲۰۲۰ به‌صورت آنلاین ارسال شده و آزمایش تجربی جدیدی را برای SARS-CoV-2 شرح داده بود. این دانشمندان چینی مقاله‌ی خود را سه ماه بعد در مجله‌ای علمی منتشر کردند.

در آن مطالعه، دانشمندان نوشته بودند که فقط ۴۵ نمونه از سواب‌های بینی را از بیماران سرپایی مشکوک به کووید ۱۹ در اوایل دنیاگیری گرفته‌اند. آن‌ها سپس بخشی از مواد ژنتیکی SARS-CoV-2 را در سواب‌های جستجو کرده بودند. پژوهشگران توالی‌های واقعی ژن‌هایی که از نمونه‌ها استخراج کرده بودند، منتشر نکردند و فقط برخی از جهش‌های ویروس‌ها را منتشر کردند؛ اما سرنخ‌هایی به دکتر بلوم نشان داد که این نمونه‌ها منبع ۲۴۱ توالی گمشده هستند. مقاله هیچ توضیحی در‌این‌باره نداده بود که چرا توالی‌هایی که در پایگاه Sequence Read Archive بارگذاری شده بود، بعداً حذف شد.

دکتر بلوم با بررسی آرشیو متوجه شد بسیاری از توالی‌ها در قالب فایل‌هایی در گوگل کلاد ذخیره شده است و موفق شد ۱۳ توالی را بازیابی کند. او با داده‌های جدید بار دیگر مراحل اولیه‌ی دنیاگیری را بررسی کرد. دکتر بلوم با این امید که درخت خانواده‌ی SARS-CoV-2 را با دقت بیشتری ترسیم کند، ۱۳ توالی جدید را با توالی‌های دیگری که از ویروس‌های کرونا اولیه منتشر شده بود، ترکیب کرد.

مشخص کردن مراحلی که طی آن SARS-CoV-2 از ویروس خفاش تکامل پیدا کرده، کار چالش‌برانگیزی است؛ زیرا دانشمندان هنوز تعداد معدودی توالی برای مطالعه دارند.

برخی از اولین نمونه‌ها از بازار عمده‌فروشی غذاهای دریایی ووهان می‌آید که در آن شیوع در دسامبر ۲۰۱۹ رخ داد؛ اما ویروس‌های بازار دارای سه جهش اضافه هستند که در نمونه‌های SARS-CoV-2 که هفته‌های بعد جمع‌آوری شده است، وجود ندارد. به عبارت‌ دیگر، ویروس‌های بعدی بیشتر شبیه ویروس‌های کرونای پیداشده در خفاش‌ها هستند. بر این‌ اساس، گفته می‌شود تبار اولیه‌ای از ویروس وجود داشته که از بازار غذاهای دریایی عبور نکرده است.

دکتر بلوم متوجه شد توالی‌های حذف‌شده‌ای که بازیابی کرده است نیز جهش‌های اضافه را ندارند. او گفت آن‌ها نسبت‌ به ویروس‌های بازار ماهی هوانان، سه قدم به ویروس‌های کرونای خفاش شبیه‌تر هستند که نشان می‌دهد قبل از اینکه ویروس به بازار برسد، برای مدتی در ووهان یا خارج از آن در گردش بوده است. او استدلال می‌کند که ویروس‌های بازار نماینده‌ی تنوع کامل ویروس‌های کرونایی که در اواخر ۲۰۱۹ در گردش بودند، نیستند. البته دکتر بلوم در گزارش خود اذعان کرد که نتیجه‌گیری وی باید با تجزیه‌و‌تحلیل عمیق‌تری از توالی‌های ویروس تأیید شود.

دکتر وروبی و همکارانش در حال کار روی مطالعه‌ی جامعی در مورد ژن‌های SARS-CoV-2 هستند تا منشأ آن را بهتر درک کنند و ۱۳ توالی بازیابی‌شده‌ی دکتر بلوم را نیز به تجزیه‌و‌تحلیل خود اضافه می‌کنند.

مشخص نیست چرا این اطلاعات ارزشمند از پایگاه داده حذف شده‌اند. دانشمندان با ارسال ایمیل به مدیران Sequence Read Archive می‌توانند درخواست کنند تا فایل‌های ارسال‌شده‌ی آن‌ها حذف شود. کتابخانه ملی پزشکی که آرشیو مذکور را مدیریت می‌کند، می‌گوید این ۱۳ توالی تابستان سال گذشته حذف شد. رناته مایلز، سخنگوی مؤسسه ملی سلامت، می‌گوید توالی‌ها در مارس ۲۰۲۰ ارائه شد و سپس پژوهشگر ارائه‌دهنده‌، درخواست حذف آن را کرد. وی بدون گفتن نام پژوهشگر مذکور، به مدیران آرشیو گفته توالی‌ها در حال به‌روزرسانی است و به پایگاه داده‌ی دیگری اضافه می‌شوند.

سه نفر از نویسندگان مطالعه‌ی آزمایش ۲۰۲۰ که ۱۳ توالی را تولید کردند، به ایمیل‌هایی که در مورد یافته‌ی دکتر بلوم برای آن‌ها ارسال شده است، پاسخ فوری نداده‌اند. در آن مطالعه، اطلاعات تماس نویسنده‌ی دیگر مقاله یعنی دکتر فو وجود نداشت.

برخی دانشمندان تردید دادند که علت حذف توالی‌ها مسئله‌ی شرارت‌آمیزی باشد. استفان گلدشتاین، ویروس‌شناس دانشگاه یوتا، می‌گوید: «واقعا درک نمی‌کنم که این مسئله چگونه حاکی از پنهان‌کاری است.» دکتر گلدشتاین خاطرنشان کرد که در مقاله‌ی آزمایش، جهش‌های انفرادی که پژوهشگران ووهان در آزمایش‌های خود پیدا کرده‌اند، ذکر شده است و اگرچه توالی‌های کامل دیگر در آرشیو وجود ندارد، اطلاعات کلیدی آن بیش از یک سال است که در دسترس همه قرار دارد؛ اما پیدا کردن آن برای پژوهشگران دیگر دشوار بوده است.

دکتر بلوم در مصاحبه‌ای گفت: «واقعا نمی‌توان گفت که آن‌ها چرا حذف شدند؛ اما می‌توان گفت پیامد عملی حذف آن این بود که مردم متوجه وجود آن‌ها نشدند.» وی همچنین به این موضوع اشاره کرد که دولت چین دستور تخریب تعدادی از نمونه‌های اولیه‌ی ویروس را صادر و انتشار بدون مجوز مقاله در مورد ویروس کرونا را ممنوع کرد. دکتر وروبی هنوز به دنبال پاسخ است و می‌گوید: «امیدوارم نویسندگان مقاله که توالی‌های بسیار مهم را ایجاد و سپس آن‌ها را حذف کردند، پاسخ بدهند تا در مورد انگیزه‌ی این کار بیشتر بدانیم.»

صرف‌ نظر از اتفاقی که برای ۱۳ توالی مذکور افتاده، دکتر بلوم کنجکاو است که چه سرنخ‌های دیگری را می‌توان به‌صورت آنلاین پیدا کرد. به‌منظور بازسازی منشأ کووید ۱۹، تمام این سرنخ‌ها احتمالا مهم خواهند بود. وی می‌گوید: «باید تلاش کنیم تا جایی که ممکن است، توالی‌های اولیه‌ی دیگری را پیدا کنیم و فکر می‌کنم مطالعه‌ی ما نشان می‌دهد که باید همه‌جا را بگردیم.»