به گفته‌ی دکتر لی رایلی، پزشک، استاد و یکی از رؤسای بخش بیماری‌های عفونی و واکسینولوژی دانشگاه برکلی کالیفرنیا (UC)، قدرت نابودکننده‌ی صابون به ساختار مولکولی آن برمی‌گردد: سری که به «دمی» طویل وصل است. سر این ساختار، هیدروفیلیک یا آبدوست است درحالی‌که دم آن هیدروفوبیک یا آبگریز است. دم آبگریز به چربی‌ها و کل باکتری‌ها و برخی ویروس‌ها از جمله ویروس کرونا (عامل بیماری کووید ۱۹) تمایل دارد. این ویروس‌ها دارای غشایی لیپیدی هستند که آن‌ها را دربرابر دم سوراخ‌کننده‌ی چربی مولکول صابون آسیب‌پذیر می‌سازد. به گفته‌ی رایلی:
دم، خود را به غشای لیپیدی باکتری می‌چسباند و به این صورت است که باکتری کشته می‌شود.
برخی انواع پاتوژن‌ها دارای دیوارهای سلولی پایداری هستند درنتیجه می‌توانند حتی پس از نفوذ دم هیدروفوبیک صابون به غشایشان زنده بمانند؛ اما حتی در این موارد هم مولکول‌های صابون می‌توانند با محاصره و ایزوله‌سازی باکتری‌ها و ویروس‌ها آن‌ها را مغلوب کنند.
به نقل از دکتر جان سوارتزبرگ، پزشک، استاد بالینی بازنشسته و کارشناس بیماری‌های عفونی در دانشگاه برکلی کالیفرنیا، وقتی صابون به این پاتوژن‌ها حمله می‌کند، دم مولکول‌های صابون به غشای لیپیدی سلول می‌چسبد و سر آبگریز مولکول صابون به سمت بیرون قرار می‌گیرد. به این صورت توپ کوچکی از مولکول‌های صابون موسوم به میسل در اطراف پاتوژن شکل می‌گیرد. باکتری‌ها و ویروس‌ها به‌راحتی به دام میسل‌ها می‌ا‌فتند زیرا بخش خارجی میسل آبدوست است درنتیجه به‌راحتی دست‌ها را پاک می‌کند.
در سال ۲۰۱۰، پژوهشگرها به ارزیابی کارآمدی صابون روی ۲۰ داوطلب پرداختند که دست‌هایشان را ۴۸۰ بار با باکتری‌های عامل اسهال آلوده کرده بودند. سپس سوژه‌ها به صورت تصادفی یکی از این سه عمل را انجام دادند: شستن دست‌ها با صابون، شستن دست‌ها فقط با آب یا نشستن دست‌ها. سپس دست‌های آن‌ها برای میکروب‌های عامل اسهال آزمایش شدند. این پژوهش در مجله‌ی بین‌المللی Environmental Research and Public Health منتشر شد.
در گروهی که دست‌هایشان را نشسته بودند، باکتری‌ها در ۴۴ درصد از شرکت‌کنندگان وجود داشتند. در گروهی که فقط دست‌ها را با آب شسته بودند، باکتری‌ها در ۲۳ درصد از سوژه‌ها وجود داشتند و در گروهی که دست‌ها را با آب و صابون شسته بودند باکتری‌ها تنها در ۸ درصد از سوژه‌ها دیده شدند.
به باور سوارتزبرگ، مولکول‌های صابون در حذف و نابود کردن میکروب‌های دست عملکرد خوبی دارند. درنتیجه صابون‌های آنتی‌باکتریال می‌توانند کاملاً غیرضروری و حتی مضر باشند و به تکامل باکتری‌های مقاوم دربرابر آنتی‌بیوتیک منجر شوند. حتی وقتی صابون آنتی‌باکتریال شسته می‌شود، می‌تواند باعث افزایش باکتری‌های مقاوم آنتی‌بیوتیکی در منابع آب محلی شود.
علاوه‌براین، صابون آنتی‌باکتریال کل باکتری‌ها را می‌کشد. حتی باکتری‌های خوبی که سلامت ما به آن‌ها وابسته است. بااین‌حال یکی از ویژگی‌های مهم شست‌وشو نادیده گرفته شده و آن زمان است. حداقل ۲۰ ثانیه طول می‌کشد تا قسمت دم مولکول صابون به شکلی بهینه به پاتوژن‌های روی دست یا سطح دیگری بچسبد. کاهش زمان شست‌وشوی صابون به معنی از بین رفتن محافظت کامل صابونی است.
نظرات